نام و نام خانوادگی:مارال حاجی پور
عنوان پایان نامه: شناسایی بیوانفورماتیکی و بررسی ریبونوکلئیک اسیدهای بلند غیرکد کننده (lncRNAs) تحت تأثیر فعال سازی PPARγ در رده ی سلولی HT-29 سرطان کلورکتال
رشته تحصیلی: زیستشناسی سلولی و مولکولی
مقطع تحصیلی: کارشناسی ارشد ناپیوسته
استاد راهنما: دکتر کامران قائدی-دکتر مریم پیمانی فروشانی
چکیده:
سرطان کولورکتال یکی از علل اصلی مرگومیر ناشی از سرطان است که سالانه تعداد زیادی از افراد مبتلا به این بیماری جان خود را از دست میدهند. مطالعات مولکولی مختلفی در ارتباط با این بیماری انجام شده است که نشاندهنده می دهد عوامل و فرآیندهای ایجادکننده سرطان کولورکتال، متغیر و پیچیده است. مطالعات نشان می دهندکه RNA های بلند غیرکد کننده (lncRNAs) نقشهای مهمی در مکانیسمهای سلولی دارند و تغییر در بیان آنها می تواند در ایجاد یا کنترل سرطانها نقش کلیدی ایفا کنند. براین اساس می توانند کاندید های مناسبی در درمان و تشخیص زودهنگام سرطان ها باشند.
روش کار: در این مطالعه با در نظر گرفتن نقش PPARγ در سرطان کولورکتال به عنوان سرکوبکنندهی تومور، با استفاده از مقالات و پایگاه داده GEO به شناسایی و کاندید کردن ژن هایی که تحت تأثیر فعال شدن پروتئین PPARγ در رده سلولی سرطانی کولورکتال هستند، پرداخته شد و با استفاده از پایگاه داده UCSC توالی PPRE(response element pparγ) را تا bp 4000 بالادست هر ژن کاندید، بررسی گردید و درنهایت 5 ژن، به عنوان ژن های کاندیدی که تحت تأثیر فعال سازی پروتئین PPARγ در رده سلولی سرطانی کولون بودند انتخاب شد. در مرحله ی بعد با استفاده از متاآنالیز شبکه ی بیانی بین ژن های کاندید و کل lncRNA های شناخته شده را از طریق همبستگی بیانی رسم گردید و lncRNAهایی که با تعداد بیشتری از ژنهای کاندید همبستگی بیان (R>0.5, P.value<0.001) داشتند، انتخاب شد و سپس توالی PPRE(response element pparγ) را تا bp 4000 بالادست هر lncRNA های کاندید شده بررسی گردید و درنهایت سه lncRNA، به عنوان lncRNA های تحت تأثیر فعال سازی پروتئین PPARγانتخاب شد. در ادامه، سطح بیان ژن ها وlncRNA های کاندید شده با استفاده از Real Time RT-PCR در رده ی سلولی HT-29 سرطان کولورکتال بررسی گردید.
نتایج: بررسی نتایج حاصل نشاندهندهی افزایش معنی داری (FDR<0.05) سطح بیان 5 ژن کاندید پس از تیمار با پیوگلیتازون بهعنوان لیگاند PPARγ در رده ی سلولی HT-29 نسبت به گروه بدون تیمار بود. از طرفی سطح بیان lncRNA های LINC01133 ,MBNL1-AS ,LOC100288911 الگوی بیانی مشابه با ژن های کاندید نشان دادند و بهطور معنی داری (FDR<0.05). افزایش بیان در سطح این 3 lncRNA، پس از تیمار مشاهده گردید، همچنین کاهش معنی دار(P.value<0.01) تکثیر از طریق بررسی تعداد سلول و زنده مانی سلول HT-29 در تیمار با پیوگلیتازون مشاهده گردید.
بحث: اگرچه آزمون های بیشتری برای تأیید پیش بینی های بیوانفورماتیکی موردنیاز است، بااین حال می توان نتیجه گرفت که احتمالاً افزایش بیان PPARγ منجر به افزایش اثر آن بر ژن ها و lncRNA های هدف گشته و موجب افزایش بیان آنها گردیده است. با توجه به اینکه PPARγ در سرطان کولورکتال نقش سرکوبکننده تومور را دارد، به طوریکه استفاده از آگونیست های مصنوعی PPARγ سبب کاهش خطر ابتلا به سرطان کولورکتال میگردد، بنابراین شناسایی lncRNA های تحت تأثیر فعالسازی PPARγ می تواند یک استراتژی جدید در درک عملکرد و فعالیت PPARγ در سرطان کولون باشد.
کلیدواژه:کولورکتال، PPARγ، lncRNAs، response element pparγ(PPRE)، پیوگلیتازون
تاریخ دفاع: زمستان 1398